dc.contributor.advisor1 | COELHO, Gabriel Iketani | |
dc.date.accessioned | 2023-10-24T21:14:55Z | |
dc.date.available | 2023-10-24T21:14:55Z | |
dc.date.issued | 2020-04-30 | |
dc.identifier.citation | ALVES, Danna Moraes. Estudo da aplicabilidade do DNA ribossomal 28S na identificação molecular de palaemonídeos da Amazônia Brasileira. Orientador: Gabriel Iketani Coelho. 2020 51 f. Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Oeste do Pará, Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós Graduação e Inovação Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Recursos Naturais da Amazônia. Santarém, 2020. Disponível em: https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1141 | pt_BR |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1141 | |
dc.description.abstract | Carida shrimp make up a very diverse group within decapod crustaceans. Currently, 39 families
are recognized, with emphasis on the family Palaemonidae. In South America, palemonid
shrimp are the most specious family with wide distribution, and in the Brazilian Amazon the
presence of 33 species is registered, with emphasis on the genera Macrobrachium, Palaemon
and Pseudopalaemon. The literature for morphological and taxonomic analysis of palaemonids
is updated and well structured, however, this identification methodology is, in certain cases,
complex due to its great interspecific morphological homogeneity associated with considerable
intraspecific morphological variation. In the present work we aim to evaluate the applicability
of a 28S ribosomal DNA (rDNA) region as a tool for molecular identification of shrimp in the
Palaemonidae family. The composition of the database was through the collection of shrimp in
the vicinity of the municipality of Santarém, in the west of the State of Pará, where the
confluence of the Amazon River and the Tapajós River is located, and the incorporation of
samples specimens deposited in three museums in the northern region. The sequences were
organized as follows: (1) a database with 47 museum sequences and a phylogenetic tree was
built using Neighbor Joining method (NJ), based on simple genetic distance (p); (2) database
with 15 museum sequences and 27 streams of haplotype samples from streams and three species
delimitation methods were applied: ABGD, GMYC and PTP. With the clusters strongly
supported, the methodology used allowed an analysis by means of the correspondence between
the positioning of the sequences in different delimitation methods, where 20 species were
identified by the ABGD and GMYC approach and 30 species by the PTP method, we infer the
taxonomic identification of 16 haplotypes and a museum sample, we corrected the identification
of six museum samples, and 11 haplotypes were identified only at the gender level. The results
of the molecular data confirm the applicability of the nuclear 28S gene as a molecular marker
for species identification. | pt_BR |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | pt_BR |
dc.language | pt_BR | pt_BR |
dc.publisher | Universidade Federal do Oeste do Pará | pt_BR |
dc.rights | Acesso Aberto | pt_BR |
dc.subject | Palaemonidae | pt_BR |
dc.subject | 28S | pt_BR |
dc.subject | Identificação molecular | pt_BR |
dc.title | Estudo da aplicabilidade do DNA ribossomal 28S na identificação molecular de palaemonídeos da Amazônia Brasileira | pt_BR |
dc.type | Dissertation | pt_BR |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/8487149226709579 | pt_BR |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/4054049089040193 | pt_BR |
dc.contributor.advisor1ORCID | https://orcid.org/0000-0002-9382-5508 | pt_BR |
dc.description.resumo | Os camarões carídeos compõem um grupo muito diverso dentro dos crustáceos decápodes.
Atualmente, são reconhecidas 39 famílias, com destaque para a família Palaemonidae. Na
América do Sul, os camarões palemonídeos são a família mais especiosa, com ampla
distribuição, e na Amazônia brasileira são registrados a presença de 33 espécies, com destaque
para os gêneros Macrobrachium, Palaemon e Pseudopalaemon. A literatura para análise
morfológica e taxonômica de palaemonídeos apresenta-se atualizada e bem estruturada, no
entanto, esta metodologia de identificação é, em certos casos, complexa devido à sua grande
homogeneidade morfológica interespecífica associado a uma considerável variação
morfológica intraespecífica. No presente trabalho objetivamos avaliar a aplicabilidade de uma
região do DNA ribossomal (rDNA) 28S como ferramenta para identificação molecular de
camarões da família Palaemonidae. A composição do banco de dados foi através de coletas de
camarões na proximidade do município de Santarém, no oeste do Estado do Pará, onde situase
a confluência do rio Amazonas e rio Tapajós, e a incorporação de amostras de espécimes
depositadas em três museus da região Norte. As sequências foram organizadas da seguinte
forma: (1) banco de dados com 47 sequências de museu e uma árvore filogenética foi construída
através do método de agrupamento de vizinhos (NJ), baseada em distância genética simples (p);
(2) banco de dados com 15 sequências de museu e 27 sequências de haplótipos de amostras de
igarapés e três métodos de delimitação de espécies foram aplicados: ABGD, GMYC e PTP.
Com os agrupamentos fortemente suportados, a metodologia empregada permitiu uma análise
por meio da correspondência entre o posicionamento das sequências em diferentes métodos de
delimitação, onde foram identificadas 20 espécies pela abordagem ABGD e GMYC e 30
espécies pelo método PTP, inferimos a identificação taxonômica de 16 haplótipos e uma
amostra de museu, corrigimos a identificação de seis amostras de museu, e 11 haplótipos foram
identificados somente a nível de gênero. Os resultados dos dados moleculares confirmam a
aplicabilidade do gene nuclear 28S como marcador molecular para identificação de espécies. | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Recursos Naturais da Amazônia | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFOPA | pt_BR |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIÊNCIAS BIOLÓGICAS | pt_BR |
dc.subject.areadeconcentracao | Genética e Conservação da Biodiversidade. | pt_BR |
dc.creator | ALVES, Danna Moraes | |
dc.publisher.department | PRÓ-REITORIA DE PESQUISA, PÓS-GRADUAÇÃO E INOVAÇÃO TECNOLÓGICA | pt_BR |