dc.contributor.advisor1 | VILDOSO, Carlos Ivan Aguilar Vildoso | |
dc.date.accessioned | 2024-02-26T22:27:23Z | |
dc.date.available | 2024-02-26T22:27:23Z | |
dc.date.issued | 2019 | |
dc.identifier.citation | SLVA, Amanda de Lima. Polimorfismo na família aphelenchoididae por padrões moleculares para os genes 18S, 28S E COI, e região ITS. Orientador: Carlos Ivan Aguilar Vildoso. 2019. 72 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Biotecnologia) – Instituto de Biodiversidade e Florestas, Universidade Federal do Oeste do Pará, 2019. Disponível em: https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1406 | pt_BR |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1406 | |
dc.description.abstract | The phytonematodes from Aphelenchoididae family are responsible for a great economic
and social importance because they cause high losses in many cultures. Accurate
recognition is important for a proper management of these phytonematodes, and the
molecular identification would solve this problem due to the lack of specialists. However,
several factors make the molecular identification difficult, such as errors in the database
(GenBank) and the superficial and / or incorrect analysis of biological sequences through
bioinformatics tools. This work aimed to obtain and analyze molecular patterns,
identifying their variations within the taxa in the genes 18S, 28S and COI, and in the ITS
region from Aphelenchoididae family nematodes. 1863 biological sequences were
obtained from GenBank, from the ribosomal regions, 641 sequences were obtained for
28S (34.41%), 566 for the ITS region (30.38%) and 370 for the 18S gene (19.86%), and
for the mitochondrial COI gene, 286 were obtained (15.35%). For the errors identification
and the amplicons size determination with universal primers, the simple alignment was
performed by Blast2seq. In addition, the ITS subunits size of the region was identified by
comparison with the predetermined sizes in Genbank or by estimates for species that
didn’t have pre-determined sizes. Obtaining molecular patterns was performed by the
CAP3 server and then confirmed by the ABGD server. In addition, intraspecific,
interspecific and intergeneric variations were estimated from by simple distances matrix
from ABGD. 17 sequences with errors were identified in the database (0.68%), 13
sequences with wrong annotations, one short sequence, two inverted sequences and one
chimeric sequence. It was also possible to identify 30 sequences at the species level,
previously annotated as "sp", 18 for the 18S gene, 11 for 28S and one for COI. The results
demonstrate the detailed pre-analysis importance of deposited sequences in database
before its use. The divergence between amplicon sizes occurred for all
Aphelenechoididae family genera for the 18S, 28S genes and for the ITS region. For the
mitochondrial COI gene, the differentiation was total for the genus Laimaphelenchus,
however, didn’t occur for the genera: Ektaphelenchoides, Ektaphelenchus, Ficophagus,
Pseudaphelenchus, Robustodorus, Ruehmaphelenchus and Sheraphelenchus. In addition,
the subunits helped in a more consistent identification for the ITS region. Intraspecific,
interspecific and intergeneric variations were identified in the genes 18S, 28S and COI,
maintaining a pattern in each variation, differentiating species and genera, with some
exceptions, however, for the ITS region, there wasn’t a defined pattern for the identified variations, being not possible to differentiate at a species or genus level for most of the
patterns used, thus ratifying the greater instability of this ribosomal region. | pt_BR |
dc.language | pt_BR | pt_BR |
dc.publisher | Universidade Federal do Oeste do Pará | pt_BR |
dc.rights | Acesso Aberto | pt_BR |
dc.subject | Diagnóstico | pt_BR |
dc.subject | Diferenciação molecular | pt_BR |
dc.subject | Taxonomia | pt_BR |
dc.title | Polimorfismo na família aphelenchoididae por padrões moleculares para os genes 18S, 28S E COI, e região ITS | pt_BR |
dc.type | TCC | pt_BR |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/6654303169964600 | pt_BR |
dc.creator.ORCID | https://orcid.org/0000-0001-7969-6837 | pt_BR |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/5002023727810298 | pt_BR |
dc.contributor.advisor1ORCID | https://orcid.org/0000-0001-7730-7535 | pt_BR |
dc.description.resumo | Os fitonematóides da família Aphelenchoididae apresentam grande importância
econômica e social por ocasionarem perdas elevadas em diversas culturas. O
reconhecimento preciso é importante para um manejo adequado destes fitonematóides e
a identificação molecular seria a resolução deste problema, para suprir a falta de
especialistas. No entanto, diversos fatores dificultam a identificação molecular, como
erros no banco de dados (GenBank) e a análise superficial e/ou incorreta das sequências
biológicas através de ferramentas de bioinformática. Este trabalho visou obter e analisar
padrões moleculares, identificando suas variações dentro dos táxons nos genes 18S, 28S
e COI, e na região ITS dos Nematóides da família Aphelenchoididae. Para isso, foram
obtidas 1863 sequências biológicas no GenBank, das regiões ribossomais, foram 641 para
o 28S (34,41%), 566 para a região ITS (30,38%) e 370 para o gene 18S (19,86%),
enquanto que para o gene mitocondrial COI, foram 286 (15,35%). Para a identificação de
erros e determinação do tamanho dos amplicons com primers universais, foi utilizado o
alinhamento simples realizado pelo Blast2seq. Além disso, o tamanho das subunidades
da região ITS foi identificado através da comparação com os tamanhos pré-determinados
no Genbank ou através de estimativas para as espécies que não possuíam tamanhos pré-
determinados. A obtenção de padrões moleculares foi realizada pelo servidor CAP3 e, em
seguida, confirmados pelo servidor ABGD. As variações intraespecífica, interespecífica
e intergenérica foram estimadas da matriz de distâncias simples do ABGD. Foram
identificadas 17 sequências com erros no banco de dados (0,68%), 13 sequências com
anotações erradas, uma sequência curta, duas sequências invertidas e uma sequência
quimera. Foi possível, também, identificar 30 sequências a nível de espécies, antes
anotadas como “sp.”, 18 para o gene 18S, 11 para 28S e 1 para COI. Os resultados
demonstram a importância de uma pré-análise detalhada das sequências depositadas no
banco de dados antes do seu uso. A divergência entre os tamanhos dos amplicons ocorreu
para todos os gêneros da família Aphelenechoididae para os genes 18S, 28S e para a
região ITS. Para o gene mitocondrial COI, a diferenciação foi total para o gênero
Laimaphelenchus, no entanto, não ocorreu para os gêneros: Ektaphelenchoides,
Ektaphelenchus, Ficophagus, Pseudaphelenchus, Robustodorus, Ruehmaphelenchus e
Sheraphelenchus. Além disso, as subunidades auxiliam em uma identificação mais
consistente para a região ITS. As variações intraespecífica, interespecífica e intergenérica
foram identificadas nos genes 18S, 28S e COI, mantendo um padrão em cada variação, diferenciando espécies e gêneros, com algumas exceções, no entanto, para a região ITS,
não houve padrão definido para as variações identificadas, não sendo possível a
diferenciação a nível de espécie ou gênero para a maioria dos padrões utilizados,
ratificando, assim, a maior instabilidade dessa região ribossomal. | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.publisher.program | Not applicable | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFOPA | pt_BR |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIÊNCIAS BIOLÓGICAS | pt_BR |
dc.creator | LIMA, Vinicius Sousa | |
dc.publisher.department | IBEF - TCC - Bacharelado em Biotecnologia | pt_BR |