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https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1730
Título : | Avaliação da eficiência de diferentes protocolos de extração de DNA ambiental para levantamentos de biodiversidade a partir de amostras de solo de várzea |
metadata.dc.creator: | SOUZA, Larissa Tayara Almeida de |
Palabras clave : | Extração de DNA;Solo;Microrganismos;Biodiversidade;rRNA 18S |
Fecha de publicación : | 19-ene-2023 |
Editorial : | Universidade Federal do Oeste do Pará |
Citación : | SOUZA, Larisa Tayara Almeida de. Avaliação da eficiência de diferentes protocolos de extração de DNA ambiental para levantamentos de biodiversidade a partir de amostras de solo de várzea. Orientador: Gabriel Iketani Coelho. Coorientadora: Luciana Pimentel. 2023. 27 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Ciências Biológicas) – Universidade Federal do Oeste do Pará, Santarém, 2023. Disponível em: https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1730 |
Resumen : | The use of environmental DNA (eDNA) from Next Generation Sequencing has been projected as an efficient and rapid approach for biodiversity assessment in different environments. However, obtaining quality samples for the optimization of extraction protocols has made its use very costly. Thus, we tested three different treatments (10g, individual and mix), in order to determine the best method that allows a broad identification of biodiversity, using soil samples collected in a floodplain area of the Pixuna do Tapará community, municipality of Santarem - Pa. In this study, the sequencing of the 18S rRNA was performed, a gene widely used for detection and classification of groups of eukaryotic microorganisms. Subsequently, the sequences were submitted to taxonomic identification through the Protist Ribosomal Reference (PR2) v4.14. The results showed that there was a different abundance pattern among the extractions, in which Gastrotricha and Annelida were the most abundant for 10g and the phyla Nematoda, Embryophyceae, Basidiomycota and Arthropoda for individual and Mix extractions. The distribution of ASVs among the different extraction types showed that there are more exclusive representatives than shared ones. For alpha diversity, the pattern between extraction types was similar. There was no statistical difference for Wilcoxon rank-sum tests and Shannon's similarity index. The beta diversity patterns were analyzed using Non-Metric Multidimensional Scaling Analysis (NMDS) using the betadisper function showed similarity between the samples from the individual and mix extractions and a distinction in diversity in the 10g and individual extractions. The significance assessed from similarity analysis (ANOSIM), corroborated the result. The data presented show that depending on the objective and the available resource, the methodology can be employed for both or only one of the protocols. |
metadata.dc.description.resumo: | O uso do DNA ambiental (eDNA), a partir de Sequenciamento de Nova Geração, tem se projetado como uma abordagem eficiente e rápida para a avaliação da biodiversidade em diferentes ambientes. Contudo, a obtenção de amostras de DNA de qualidade para a otimização dos protocolos de extração tem tornado sua utilização muito onerosa. Desta forma, testamos três tratamentos diferentes (10g, individual e mix), no intuito de determinar o melhor método de extração de DNA que possibilite uma ampla identificação da biodiversidade, utilizando amostras de solo coletadas em área de várzea da comunidade Pixuna do Tapará, município de Santarém – Pa. Neste estudo, foi realizado o sequenciamento do rRNA 18S, gene amplamente usado para detecção e classificação de grupos de microrganismos eucarióticos. Posteriormente, as sequências foram submetidas a identificação taxonômica através do banco de referência Protist Ribosomal Reference (PR2) v4.14. Os resultados demonstraram que houve um padrão de abundância diferente entre as extrações, no qual Gastrotricha e Annelida foram os mais abundantes para 10g e os filos Nematoda, Embryophyceae, Basidiomycota e Arthropoda para extrações individuais e Mix. A distribuição de ASVs entre os diferentes tipos de extração mostrou que há mais representantes exclusivos do que compartilhados. Para a diversidade alfa, o padrão entre os tipos de extração foi similar. Não houve diferença estatística para os testes de Wilcoxon rank-sum e o índice de similaridade de Shannon. Os padrões de diversidade beta, que foram analisados através de Análise de Escalonamento Multidimensional não métrico (NMDS), através da função betadisper, mostrou semelhança entre as amostras das extrações individual e mix e uma distinção na diversidade nas extrações de 10g e individual. A significância avaliada a partir da análise de similaridade (ANOSIM), corroborou o resultado. Os dados apresentados mostram que dependendo do objetivo e do recurso disponível, a metodologia poderá ser empregada para ambos ou apenas um dos protocolos. |
URI : | https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/1730 |
Aparece en las colecciones: | ICTA - TCC - Bacharelado em Ciências Biológicas |
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